在接下来的几个月里，忍者面临着无数新的威胁。当数百名玩家进入游戏时，他们进入了Prime Empire的虚拟世界。在阻止Unagami的过程中，Kai 和 Cole 在赛跑中牺牲了自己，但当 Jay 帮助 Unagami 和他的创造者做出补偿时，每个人都恢复了现实。Kai 和忍者后来前往Shintaro 王国，在那里Vangelis谨慎地恐吓Geckles和Munce作为“骷髅巫师”。忍者为给新太郎带来和平而斗争，但最终被俘虏。获释后，他们与重新觉醒者作战并打败骷髅巫师。凯和忍者后来前往守护者岛拯救美沙子和吴。在那里，忍者发现了风暴护身符和Wojira的存在- 一条古老的蛇，Merlopia的Kalmaar试图释放。忍者们前往无尽之海调查，却无法阻止野兽的觉醒，忍者城被淹没。最终，尼亚为了打败沃吉拉而牺牲了自己，与大海融为一体。
